Tak ada satu pun yang mau mengikuti agama Allah di Kampung Ninawa, maka Nabi Yunus pun pergi dalam keadaan marah kepada kaumnya, padahal Allah belum mengizinkannya untuk pergi.
Nabi Yunus pergi ke tepi laut dan menaiki kapal. Pada saat Nabi Yunus berada di atas kapal, ombak laut menjadi dahsyat, angin menjadi kencang, dan membuat kapal menjadi oleng hingga hampir saja tenggelam.
Barang – barang berat di kapal tersebut pun dibuang ke laut untuk meringankan beban. Namun, kapal tetap saja hampir tenggelam. Para penumpang bermusyawarah untuk meringankan beban kapal dengan melempar seseorang ke laut, maka mereka melakukan undian dan ternyata undian itu jatuh kepada Nabi Yunus.
Tetapi mereka tidak mau jika Nabi Yunus harus terjun ke laut, maka undian pun diulangi lagi, dan ternyata jatuh kepada Nabi Yunus lagi. Hingga undian itu dilakukan sebanyak tiga kali dan hasilnya tetap sama. Maka, Nabi Yunus bangkit dan melepas bajunya, kemudian melempar dirinya ke laut.
Pada saat yang bersamaan, Allah mengirimkan ikan besar kepadanya dan mengilhamkan kepadanya untuk menelan Nabi Yunus dengan tidak merobek dagingnya atau mematahkan tulangnya. Ikan itu menelan Nabi Yunus, dan Nabi Yunus tinggal di perut ikan itu dalam beberapa waktu, dibawa mengarungi lautan oleh ikan itu.
Nabi Yunus berada dalam tiga kegelapan; kegelapan perut ikan, kegelapan lautan, dan kegelapan malam. Maka, di kegelapan itu Nabi Yunus berdoa:
“Laa ilaha illa anta, subhanaka inni kuntu mina zhalimin”
“Tidak ada Tuhan yang berhak disembah selain Engkau. Mahasuci Engkau, sesungguhnya aku termasuk orang-orang yang zalim.”
Doa Nabi Yunus ini Allah abadikan dalam surat Al-Anbiya ayat 87.
